Rechtsgrundlage der Arbeit der EUAA ist die Verordnung (EU) 2021/2303 des Europäischen Parlaments und des Rates vom 15. Dezember 2021. Diese ersetzt zum 19. Januar 2022 EASO und tritt an dessen Stelle.
Die EUAA arbeitet mit den Mitgliedstaaten über sogenannte nationale Kontaktstellen zusammen. Die Aufgabe der nationalen Kontaktstelle für die EUAA liegt in Deutschland überwiegend beim Bundesamt für Migration und Flüchtlinge (BAMF). Für den Bereich Aufnahme liegt die Zuständigkeit bei den Ländern. Im Auftrag der Länderarbeitsgemeinschaft für Migration und Flüchtlingsfragen (ArgeFlü) übernimmt Hessen seit September 2021 für die Länder die Aufgabe der nationalen Kontaktstelle für die EUAA im Bereich Aufnahme.